1. Vị trí địa lý
Xã Vạn Thạnh là xã đảo vừa là bán đảo, nằm phía Đông huyện Vạn Ninh, cách trung tâm huyện (thị trấn Vạn Giã) 40km, cách trung tâm thành phố Nha Trang 100km; có ranh giới tiếp giáp như sau:
- Phía Đông giáp biển Đông 
- Phía Tây giáp xã Vạn Thọ;
- Phía Nam giáp Ninh Hòa;
- Phía Bắc giáp biển Đông;
Vạn Thạnh nằm trong quy hoạch phát triển đặc khu kinh tế Vân Phong của tỉnh khánh hòa và của khu vực nam trung bộ; Có rừng núi, đồi cát và biển. Có tuyến đường Tỉnh lộ 651 dài 18 km từ Cổ Mã (Vạn Thọ) đến Đầm Môn (Vạn Thạnh) trên 100 km đường bờ biển dọc theo các thôn trên địa bàn của xã Vạn Thạnh. Với vị trí địa lý và hệ thống giao thông như vây, xã Vạn Thạnh có nhiều điều kiện tự nhiên thuận lợi cho phát triển kinh tế, văn hóa xã hội, giao lưu hàng hóa với các địa phương khác trong vùng và phát triển du lịch cả về đường thủy và đường bộ.
2. Điều kiện tự nhiên:
Diện tích tự nhiên của toàn xã là 12.956,96 ha ; Địa bàn xã có 6 Thôn: Thôn Đầm Môn, Thôn Vĩnh Yên, Thôn Khải Lương, Thôn Ninh Tân, Thôn Ninh Đảo, Thôn Điệp Sơn.
Dân số toàn xã  tính đến năm 2017 có 1937  hộ , 7355 nhân khẩu. Người dân trên địa bàn chủ yếu sống bằng nghề nuôi trồng thủy sản với 80% dân số, tiểu thủ công nghiêph và buôn bán nhỏ chiếm 20%  dân số.
3.Địa hình
Vạn Thạnh là xã đảo có 3 thôn nằm trên đất liền, có 3 thôn nằm trên các đảo lẻ khác nhau; có 2 thôn đi lại bằng đường bộ còn lại 4 thôn đi lại bằng đường thủy. Địa hình của xã có núi cao và đồng bằng nhưng được phân bố làm 2 vùng rõ rệt, khác nhau về điều kiện tự nhiên, đất đai thổ nhưỡng, dẫn đến điều kiện tự nhiên canh tác, sản xuất và nghề nghiệp cũng khác nhau.
4. Khí hậu, thời tiết
Xã Vạn Thạnh nằm trong vùng ven biển Nam Trung Bộ - chịu ảnh hưởng của vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa. Theo phân vùng khí hậu tỉnh Khánh Hoà, xã Vạn Thạnh nằm trong tiểu vùng khí hậu II (Vùng núi thấp và đồng bằng ven biển). Nhiệt độ trung bình khoảng 280C, vùng đồng bằng ven biển giáp tu Bông nên chịu ảnh hưởng khí hậu Đông Bắc, thuộc tiểu khí gậu khu vực Tu Bông (gió), nên bị ảnh hưởng gió mùa rất mạnh vào những tháng cuối hè thì có gió Lào khô nóng. Trong năm có mùa rõ rệt: Mùa khô bắt đầu từ tháng 01 đến tháng 7, mùa mưa bắt đầu từ tháng 8 đến tháng 12. 
* Nắng:  Số giờ nắng trung bình năm là : 2.600 giờ/năm.
* Mưa: Lượng mưa trung bình năm : 1.139 mm.
+ Lượng mưa tập trung chủ yếu vào 4 tháng : từ tháng 9-12 chiếm 70% lượng mưa cả năm.
+ Số ngày mưa trong mùa khoảng 47 ngày.
+ Mùa khô kéo dài từ tháng giêng đến tháng 7, lượng mưa trong mùa chiếm khoảng 29,6%.
* Độ ẩm không khí: Độ ẩm cao nhất trung bình (75-82%), các tháng có độ ẩm tuyệt đối thấp vào khoảng 36%.
- Thuận lợi: khí hậu nóng ẩm, mưa nhiều, tổng tích ôn nhiệt lớn...là những yếu tố thuận lợi cho sinh trưởng và phát triển của cây trồng vật nuôi (đặc biệt là cây trồng, vật nuôi nhiệt đới); là điều kiện thuận lợi của xã trong việc đa dạng hóa cây trồng, vật nuôi; nhiệt độ cao, tổng giờ nắng lớn thuận lợi cho việc phơi sấy thủy hải sản... 
1.4. Thuỷ văn 
Vùng ven biển chịu ảnh hưởng của thuỷ triều, biên độ dao động 1,2-1,5m. Tuy nhiên, biên độ giao động này không gây ảnh hưởng đến sinh hoạt cũng như sản xuất, nuôi trồng thuỷ sản.