Về tài nguyên đất :
Vạn Thạnh có diện tích đất tự nhiên là 12.956,96 ha. Theo kết quả điều tra bổ sung, chỉnh lý bản đồ đất toàn tỉnh Khánh Hoà 1:100.000 và kết hợp với điều tra dã ngoại bổ sung, xác định được trên địa bàn toàn xã có một số loại đất sau:
* Nhóm đất Nông nghiệp: 
+ Đất Nông nghiệp với diện tích 1013,82 ha, chiếm 7,8% diện tích tự nhiên phân bố đều trên tất cả các thôn của xã Vạn Thạnh.
* Nhóm Phi Nông nghiệp: 
+ Đất Phi Nông nghiệp với diện tích 277,04 ha, chiếm 2,1% diện tích tự nhiên phân bố đều trên tất cả các thôn của xã Vạn Thạnh
* Nhóm chưa sử dụng: 
+ Đất chưa sử dụngvới diện tích 11.666,11 ha, chiếm 90,1% diện tích tự nhiên toàn xã
Về tài nguyên biển: Vạn Thọ có có trên 100 km bờ biển giáp Biển Đông, 09 km bờ biển  dọc  theo Vịnh Vân Phong, đây là xã có thế mạnh về tài nguyên biển. Nguồn tài nguyên này không chỉ phục vụ cho việc nuôi trồng thuỷ sản (Nuôi tôm Sú, tôm thẻ chân trắng, nuôi tôm hùm lồng, thủy hải sản khác…) mà còn dùng để khai thác cho giao thông đi lại, du lịch, dịch vụ thương mại.
Từ việc khai thác các thế mạnh từ nguồn tài nguyên này, hàng năm đã đưa lại cho người dân địa phương một khoản thu nhập lớn trong lĩnh vực nuôi trồng và đánh bắt thuỷ hải sản. Tài nguyên biển góp phần lớn tạo công ăn việc làm cho người dân địa phương đồng thời tăng thu nhập cho kinh tế hộ gia đình.
Về tài nguyên rừng:
Theo kết quả kiểm kê hiện trạng sử dụng đất thì tổng diện rừng trên địa bàn xã là 634,63 ha, phân bố chủ yếu tại các thôn Đầm Môn, Vĩnh Yên, Khải Lương, Ninh Tân. Phần diện tích đất rừng sản sản xuất chủ yếu là diện tích đất trồng rừng với các loại cây chính là keo và bạch đàn; diện tích rừng trên mới được trồng nên trữ lượng gỗ còn thấp. Diện tích còn lại là rừng tự nhiên.
Về tài nguyên khoáng sản
Xã Vạn Thạnh có một số loại khoáng sản và nguyên vật liệu xây dựng như đá xây dựng, cát xây dựng có chất lượng tương đối tốt. Một số núi đá có thể khai thác để làm nguyên vật liệu xây dựng, làm đường như mỏ đá Hố Sâu, khai thác lượng cát vàng để xuất khẩu với số lượng lớn như công ty khai thác cát MINIXCO; chủ yếu tập trung tại thôn Đầm Môn và thôn Khải Lương.